聯勤保障部隊第九四〇醫院于1939年創建于革命圣地延安，前身為八路軍軍醫院，1949年以前，先后稱為白求恩國際和平醫院、西北人民解放軍衛生部第二野戰醫院、西北軍區第一陸軍醫院。1949年以前，改稱中國人民解放軍西北軍區總醫院、蘭州軍區總醫院、蘭州軍區蘭州總醫院。2004年6月，原解放軍第473醫院整體轉隸并入，改編為473臨床部。2016年9月，原蘭州軍區疾病預防控制中心和原蘭州軍區聯勤部藥品儀器檢驗所暫由醫院代管。2018年4月，原蘭州軍區機關門診部、甘肅省軍區機關門診部、臨夏醫療所暫由醫院領導管理。2018年11月，以原蘭州軍區蘭州總醫院為基礎，納入原蘭州軍區機關門診部、甘肅省軍區機關門診部、原解放軍第一醫院臨夏醫療所、原蘭州軍區聯勤部通信站蘭州總醫院分站，調整組建聯勤保障部隊第九四○醫院。以原解放軍第二十五醫院為基礎，調整組建聯勤保障部隊第九四四醫院，劃歸聯勤保障部隊第九四○醫院領導管理。
在80年的發展歷程中，第九四○醫院秉承“厚德、和諧、敬業、創新”的院訓，凝練出“愛黨為民、救死扶傷、精益求精、務實創新”的醫院精神。
革命戰爭年代，醫院兩次挺進山西，四渡黃河天險，在突破敵人封鎖和隨軍轉移中，五次遭敵機空襲。縱橫馳騁在敵人縫隙之中，穿山越嶺，迂回大山深溝之間。曾先后參加了榆林、宜瓦、扶眉、蘭州等16次重大戰役的戰地救護工作，醫護人員以堅韌不拔的毅力戰勝一切困難，不畏艱難困苦，不怕流血犧牲，赴湯蹈火，搶救、轉運和治療傷病員，在血雨腥風中飽受了戰爭的煎熬，付出了巨大的代價，尤其是在1947年10月27日第二次攻打榆林戰役中，醫院在太平溝、岔灣村二所手術室突遭敵機轟炸，院長徐根柱、主治軍醫劉永利、司藥徐生芳、護士長杜欣、護士浦俊才不幸犧牲，譜寫了醫護人員可歌可泣的戰地救治史詩，為解放大西北和新中國的誕生創立了豐功偉績，做出了突出貢獻。
新中國成立后，在社會主義建設和改革開放時期，醫院實現從野戰醫院到和平年代總醫院的轉變，逐步發展成為一所集醫療、教學、科研為一體的綜合性三級甲等醫院，曾派出醫療隊參加過抗美援朝、甘南平叛、對越自衛還擊戰等醫療救治任務。在建國初期各項條件十分艱苦的情況下，我院醫務人員克服困難，勇于創新，50年代醫院護理領軍人物黎秀芳創造性地提出“三級護理”的分級護理制度，繼而提出“三查七對”及“對抄勾對”等“查對制度”“護理計劃”“保護性醫療制度”，在全軍全國推廣并沿用至今；1965年成功完成全軍第一例臂斷離再植手術，1977年成功完成全軍第一例腎移植手術，1987年，為左手掌完全斷離缺血54小時和左手食指完全離斷缺血59小時的患者進行斷肢（指）再植手術獲得成功。
進入新時代，醫院全面建設步入了快車道，醫院現擁有一個全國重點建設學科、一個國家中醫藥重點學科、一個全軍骨科研究所和6個全軍專科（專病）中心及12個軍區專科中心。同時，達芬奇機器人、射波刀、PET/CT、3.0T核磁、320排640層CT等大型高精尖設備落地醫院。
醫院先后圓滿完成定西空難救援，抗擊非典，剛果（金）維和，汶川、玉樹抗震救災，舟曲特大泥石流，甘肅漳縣岷縣抗震救災等非軍事戰爭行動，參加了“和平天使-2014”中巴聯合衛勤作業、“神舟系列飛船”發射衛勤保障、高原使命課題演練等重大演訓任務。被中共中央國務院、中央軍委表彰為“全國抗震救災英雄集體”，野戰醫療所被表彰為“戰役后勤高原使命課題訓練先進單位”。醫院國家應急救援醫療隊被中共中央、國務院、中央軍委表彰為“全國抗震救災英雄集體”，野戰醫療所被表彰為“戰役后勤高原使命課題訓練先進單位”。先后涌現出“愛黨為民模范護理專家”黎秀芳，“百年良醫”、全軍踐行社會主義核心價值觀爭做新一代革命軍人新聞人物葛寶豐，黨的十九大代表、“全軍愛軍精武標兵”哈小琴、“全軍優秀共產黨員”賈正平等一批全國先進典型。
